Es de conocimiento de los bibliómanos bogotanos los valiosos volúmenes de coleccionistas de los siglos XIX y XX que enriquecieron los fondos de la biblioteca de la Academia Colombiana de Historia, en especial colecciones de ediciones francesas de literatura pintoresca y viajes, así como de editoriales españolas y latinoamericanas, con énfasis en ediciones conmemorativas de los países de América.

Por la configuración de sus fondos bibliográficos y documentales, la biblioteca muestra una tipología singular entre las bibliotecas públicas de Bogotá y el país. Con su carácter de especializada deben destacarse varias colecciones bibliográficas sobre la vida y escritos de Simón Bolívar, Francisco de Paula Santander, obras de geografía, cronistas de Indias, historia y geografía de América Latina y España. Pero sin duda el fondo más valioso es su colección general de historiografía de Colombia y el más consultado por académicos, investigadores, docentes y estudiantes universitarios, sus usuarios más frecuentes. También entraron a formar parte de los fondos de la Academia saldos de las colecciones del antiguo Instituto de Estudios Históricos.

En 2004 se organizó un fondo especializado con ejemplares de obras publicadas antes de 1900, conformándose así una sala de consulta para investigadores exclusivamente. En sesión pública en homenaje al académico Julio Pombo Ayerbe se le dio a esta sala su nombre. En la actualidad este espacio cuenta con un total de 1.331 libros. La biblioteca adelanta gestiones con miras a lograr acuerdos de cooperación que garanticen la conservación de estas publicaciones mediante su digitalización. La sala cuenta además con un repertorio de ediciones principales de los cronistas y de los historiadores del periodo colonial y de la Independencia, y valiosas ediciones de viajeros extranjeros en Colombia.

Uno de los fondos más valiosos de la biblioteca es sin duda el de folletos de los siglos XIX y XX, con ejemplares únicos. Esta colección incluye una variada gama de temas de historia nacional y americana, y sobresalen folletos sobre religión, folclor, teatro, literatura, cultura, entre otros. Se ha emprendido el proceso de digitalización de estas misceláneas.